华为云助力基因检测科研,为生物产业发展加力续航

admin 移动互联 2024-01-30 08:53:46 0 检测 基因

每一个新生儿的出生都带来无限的希望,但并非每一个新生命都能以健康或幸运的方式来临。所有重大疾病的诊断都是家庭不愿意面对的痛苦,但事实上很多疾病都可以通过基因检测、早期筛查、早期预防来实现。生物产业快速发展的基因检测,每年有1400万新生儿、300万新肿瘤患者、1500万新肿瘤患者,都不可低估。2017年,国家发展和改革委正式发布《生物产业“十三五”发展规划》,明确了基因检测能力覆盖50%以上出生人口的目标,采用基因测序、成像、大数据分析等手段,对产前胎儿罕见病筛查,对肿瘤、遗传病等进行准确的预防和诊断。达到治疗效果后,更多的疾病也将依赖基因作为主要信息。发展基因产业已成为国家战略,预计到2020年,中国4亿人的医疗信息将包含基因信息。基因信息检测技术被纳入“新健康技术福利工程”。然而,工具碎片化、开发语言多样性以及系统维护和升级等技术挑战阻碍了基因检测技术的快速发展。集装箱技术也受到基因检测企业的青睐,因为标准化包装保证了环境的一致性、秒尺度的可扩展性和高资源利用率,作为支撑基因检测的核心技术逐渐被采用。上海其明信息技术有限公司(Genminix Informatics co.,Ltd.,以下简称其明公司)在基因检测、生物信息领域已经发展了13多年,开发的基因检测和基因云计算综合平台GCBI(Gene Cloud of Biotechnology Information)已被广大医疗和科研机构所接受。通过先进的云计算技术,为医疗用户提供更高效、更科学的建议。华为云CCI服务(全称:Cloud Container Instance)作为GCBI的底层核心技术支撑,具有高安全性、高性能、低成本、易用性等优点,帮助GCBI平台服务于基因检测行业。华为云CCI完成超过25万条数据分析在华为云容器CCI的支持下,公司基因检测和基因云计算集成平台GCBI已完成超过25万条基因数据分析和挖掘,支持超过1万条基因信息的临床决策。参与了8万多个疾病相关基因临床信息挖掘研究项目。在整个产业链上,GCBI为医疗用户提供重大疾病风险评估、预警、早期筛查、分子分型和个性化治疗评估监测,并提供生物医学大数据参考咨询、分析判断、快速计算、精准决策。另一方面,为了精准治疗药物的创新和发展,推动分子检测技术产品的不断创新,大大减少有效和过度的医疗,避免有害医疗,提供大数据平台,抑制医疗支出的快速增长,使精准医疗成为经济社会发展的新增长点。在GCBI系统中,客户首先将测序仪的检测数据发送到GCBI平台,然后进行分析、注释、过滤、评估和解释,为客户生成详细的检测报告,帮助客户做出药物治疗、诊断和预后决策。

由于基因检测行业的特殊性,计算资源平台面临着许多业务波动的挑战。由于客户通常在样品达到一定数量后进行批处理,因此原始数据源具有周期性,从而导致业务波动性较大。企业很难规划资源并使资源充分运转。2.高度的同时性。每个样本在计算中需要8核到32核的容器实例。客户提交原始数据后,公司需要在两小时内反馈结果,并要求高并行计算量以确保向客户提供SLA。3.复杂的操作。该公司在自己的公共云虚拟机资源中托管小型K12S群集,并积累了丰富的实战经验。但是,硬件资源和K8S群集的操作仍然是一个令人头痛的问题,占用了公司的大量人力资源。华为云CCI多方面托管GCBI的核心服务无服务器,降低基因测序成本的华为云CCI服务于2018年3月启动公测,同时也是全球首个基于K8S的商用无服务器容器服务,在多方面满足了公司的需求。安全性和可靠性:该公司正在处理遗传敏感数据,我们希望该公司的业务和数据的安全性得到很好的保证。华为云CCI服务目前采用Kata Secure Container技术,将成熟的虚拟机隔离技术应用于容器领域,确保客户业务和数据的安全。降低运营和维护复杂性:在使用华为云CCI服务之前,公司需要独立维护集群,并考虑集群升级、社区bug修复、集群资源利用率等。CCI在容器领域引入了无服务器概念,以直接购买和管理容器实例,而无需管理物理资源和K8S群集。同时,CCI还提供了可视化的Pod CPU/MEM监控功能,可以实时监控处理过程,大大简化了运维成本,让上海启明信息技术有限公司能够专注于自己的业务。按需按秒计费:为了确保向医疗和科学研究客户交付服务,该公司需要根据其最大业务量来维持虚拟机的大小,但这些资源在相当长的一段时间内处于闲置状态,造成了巨大的浪费。华为云CCI服务提供按需按秒计费的服务,解决了业务波动性带来的成本问题。上海奇明公司信息技术有限公司经过精心计算,按需计费每秒可节省高达50%。秒级扩展和高并发性:该公司发现,每次启动虚拟机时,集群和节点需要大约20分钟的服务在线时间。即使是扩展也需要10分钟以上。华为云CCI支持秒级扩展和高并发性,Kata容器启动速度为600ms,集群规模最大,可达10万个容器实例,因此无需担心满足客户的SLA要求。“通过将我们的业务部署到CCI,我们将实际计算成本降低了30-50%,并实现了K8S和物理资源免维护,”该公司的开发总监蔡继华说。公司很高兴看到华为云CCI服务实现了一系列成本节约,并有助于提高客户SLA的服务标准,使其能够更专注于业务和客户。华为云CCI不仅帮助公司解决了底层技术问题,专注于业务创新,还实现了公司与其他合作伙伴的价值联动,助力基因检测科学研究的进一步发展。基于华为云原生应用平台,华为云CCI不断探索该技术在不同医疗场景下可以实现的应用创新,为生物产业的繁荣发展增添可持续性。

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